Los Museos de España, publicada en 1875, no es tan solo un ameno recorrido por algunas de las principales galerías del territorio (Madrid, Sevilla, Toledo, Valencia, Barcelona, Valladolid, El Escorial, Zaragoza), sino que sirve en bandeja el planteamiento de algunos de los más esenciales temas del debate museístico del último cuarto del siglo XIX.
Centralización de colecciones y mejoras en la conservación, abandono gubernamental, coordinación y donaciones entre los diferentes museos, donaciones privadas, labor de las corporaciones (Sociedad Económica Matritense, Ateneo Científico y Literario), creación de un Gran Museo Nacional o Museo del Rey,… son aspectos que Araujo analiza en su obra desde una perspectiva que trata de justificar como objetiva, pero que, dado su talante crítico, traslucen un pesimismo compartido por algunos de sus colegas.
Araujo aboga por la presentación pedagógica de las colecciones (escuelas, cronología, géneros,…) en contraste a la exposición barroca o miscelánea: «... para que pudieran servir de enseñanza y ejercer la influencia en los adelantos del gusto y de la industria...», «... un museo es un establecimiento de tanta enseñanza como una cátedra o una biblioteca», señala el autor. En definitiva, un testimonio crucial de la evolución de la teoría y práctica del Museo, que a través diferentes etapas, pasó de ser un "cementerio de obras de arte", a convertirse en centro vivo y dinámico de la vida cultural de la sociedad.
